سال‌ها پس از حکومت سزار، میمونی جوان پا به ماجراجویی‌ای می‌گذارد که باعث می‌شود هرچه راجع‌به گذشته به او آموختند را زیر سؤال ببرد و تصمیماتی بگیرد که به نفع میمون‌ها و نیز انسان‌ها باشد.
داستان بیست هزار سال پس از تصاحب زمین توسط گودزیلا رخ می‌دهد، زمانی که گروهی درمانده از پناهجویان قصد دارند دوباره در زمین ساکن شوند، اما در میان آن‌ها پسری وجود دارد که به دنبال انتقام است.
داستان دختری دوازده ساله به‌نام شارلوت که مخفیانه یک عنکبوت را به‌عنوان حیوان خانگی نگه می‌دارد و او را بزرگ می‌کند، غافل از آنکه همان عنکبوت روزی تبدیل به یک هیولای بزرگ و گوشت‌خوار می‌شود که جان خودش و خانواده‌اش را تهدید می‌کند.
زمانی که یک قایق خالی در خلیج توکیو توجه گارد ساحلی را جلب می‌کند، هنگام تحقیق و بررسی، قایق و نیروهای گارد ساحلی طی حادثه‌ای از بین می‌روند و آزاد راه آکوا لاین را سیل فرا می‌گیرد. پس از فراگیر شدن ویدئویی از این حادثه، معاون ارشد رئیس دفتر نخست وزیری یعنی راندو یاگوچی باور دارد که این اتفاق توسط موجودی زنده شکل گرفته است و...
